E-learning 2. Analýza dat 2.2. Analýza vysokopokryvných genomických dat 2.2.1. DNA mikročipy 2.2.1.10. Meta-analýza mikročipových experimetnů

autorky: Ivana Ihnatová, Eva Budinská

Analýzu mikročipů lze v podstatě rozdělit do čtyř úrovní. První úroveň je reprezentována analýzou obrazu a získáním číselných hodnot intenzit pro každý spot a kanál. Poté následuje proces hledání odlišně exprimovaných genů. Následně se tyto geny použijí ve třetí úrovni analýzy pro porovnání tříd, predikci nebo odhalení. Analýzou čtvrté úrovně je tzv. meta-analýza, tady se provádí spojení výsledků jednotlivých experimentů.

V praxi stojíme před problémem různých výsledků ze dvou mikročipových studií, které mají stejný cíl a jsou prováděny za podobných experimentálních podmínek. Obvykle seznamy vybraných významných genů mají odlišné délky, obsahují různé geny nebo stejné geny vyskytující se na různých pozicích.

Příčin výskytu těchto rozdílů během analýzy mikročipů existuje několik. Prvním a velmi důležitým důvodem je přítomnost šumu v mikročipových datech. Ve skutečnosti je každá část mikročipového experimentu zdrojem šumu. Při analýze obrazu, zejména pak během kvality kontroly jsou podezřelé spoty vyřazeny z další analýzy. Tím jsou vnášeny chybné hodnoty do dat. Kromě toho, také největší výhoda mikročipů – schopnost měření tisíců proměnných (genů) najednou,  dělá při malém počtu pozorování statistickou analýzu těchto dat obtížnou. Další rozdíly jsou způsobeny různými experimentálními podmínkami, zahrnující odlišné platformy, různé laboratorní protokoly nebo různé vzorky.

Řešením rozdílů mezi jednotlivými mikročipovými studiemi se zdá být meta-analýza mikročipů. Meta-analýzou máme na mysli analýzu publikovaných výsledků. Její hlavní předností je zvýšení statistické síly na rozpoznání rozdílně exprimovaných genů. Nicméně meta-analýza sama o sobě musí řešit problémy vyplývající z kombinace dat vstupních souborů. To vede k otázce, zda je možné porovnat mikročipové studie nebo ne. Tato otázka není doposud vyřešena. Někteří autoři (Choi et al., 2004) obhajují kombinování datových souborů z různých platforem, jiní (Kuo et al., 2002, Jarvinen et al., 2004) ne.