E-learning 2. Analýza dat 2.2. Analýza vysokopokryvných genomických dat 2.2.1. DNA mikročipy 2.2.1.2. Výroba mikročipu

Mikročipová sklíčka jsou vyráběna buď komerčně nebo na zakázku v jednotlivých laboratořích.
Výhodou komerčních mikročipů je jejich vysoká kvalita. Většina společností nabízí mikročipy navrhované pro nejběžnější studované organismy, jako jsou člověk, myš, krysa a kvasinky. Mnoho z nich má také specializované čipy, které jsou vhodné ke konkrétnějším výzkumům (čipy rakoviny tlustého střeva, čipy rakoviny prsu,…). Na druhé straně, má zakázková výroba mikročipů výhodu v přizpůsobení se genům, které jsou skryté, a že mikročipy mohou být vyráběny v malých sériích. To ovšem vyžaduje laboratoř, která má mikročipovou tiskárnu nebo spotovací zařízení k výrobě čipu.
Existují dvě hlavní techniky, které se používají k výrobě mikročipu (nebo umístění sond do spotů v pevném podkladu), spotování a in-situ syntéza.

Spotování
     Sondy (oligonukleotidy, cDNA klony) jsou syntetizovány ještě dříve, než jsou naneseny na povrch čipu, a pak jsou umístěny (spotovány) na povrch mikročipu. Tato procedura je vykonávána robotickou rukou s jemnými jehlami. Během procesu potisku jsou jehly vnořeny do kolonky obsahující sondy - úložiště po tu dobu, než se každá sonda dostane do určené oblasti na povrchu sklíčka. Jelikož lze sondy a tisková místa jednoduše přizpůsobovat, je tato technika celosvětově používána k výrobě zakázkových mikročipů výzkumnými týmy ve vlastních laboratořích.
 

    Následující video ukazuje spotujícího mikročipového robota v akci:
http://www.youtube.com/watch?v=Pjr1Oyc0KrY&feature=related

Speciální přístup používá namísto velkých pevných podloží mikroskopické kuličky. Sondy jsou umístěny na mikroskopické kuličky, které jsou pak náhodně umístěny na povrch mikročipu v malých kapkách. Tento přístup se používá u Illumina čipů.

In situ syntéza
     Krátké sekvence sond jsou syntetizovány přímo na sklíčku. Tato technika je obvykle aplikována s krátkými sekvencemi sond (oligonukleotidy). Metoda používaná pro in-situ syntézu je založena na fotolitografické syntéze. Zde světlo a maskující agenti citlivosti na světlo jsou použiti k "sestavení" sekvence jednoho nukleotidu najednou napříč celým čipem (Pease et al.,1994). Každá sonda, která je prodloužena, je selektivně "odmaskována (odhalena)" použitím světla a mřížky. Pak je čip omyt roztokem obsahujícím samotný nukleotid zájmu. Nukleotidy se váží jen na odmaskované sondy. Následně se uskutečňuje maskovací reakce a další sada sond je odmaskována v rámci přípravy pro vystavení vlivu jiného nukleotidu. Tento proces je opakován, dokud nejsou všechny sady sond sestaveny do své plné délky.

     Hezkou demonstraci procesu lze vidět na tomto videu:
http://www.youtube.com/watch?v=ui4BOtwJEXs&feature=related