E-learning 2. Analýza dat 2.3. Analýza vysokohustotních proteomických dat 2.3.1. 2D-gelová elektroforéza 2.3.1.1. Předzpracování

Stejně jako u mikročipového experimentu, tak i 2-DE vděčí experimentálním chybám za vznik zkreslení. Z tohoto důvodu je nezbytné aplikovat četné kroky předzpracování před tím, než se provede řádná analýza dat. Většina metod, které slouží ke kontrole kvality, a předzpracování mikročipového experimentu lze použít také na 2-DE data. Stejně jako mikročipová data, ani 2-DE data nemají normální rozdělení. Logaritmická transformace běžně užívaná v mikročipovém experimentu je použita také zde, pomáhá ve stejném okamžiku stabilizovat varianci.
Dalším důležitým krokem předzpracování je kalibrace všech hodnot exprese pro všechny vzorky, aby se zajistilo, že zaznamenané rozdíly jsou způsobeny právě biologickou variací. Během kalibrace odstraňujeme jak prostorové efekty, tak efekty barviva.
Další část předzpracování 2-DE dat je nahrazení chybějících hodnot. Obvykle zde chybí velký počet hodnot a některé statistické metody potřebují kompletní datovou sadu. Tyto chybějící hodnoty mohou být nahrazeny průměrem exprese stejného proteinu ze zbylých gelů. Nebo existují propracovanější algoritmy, jako metody založené na singulárních rozkladech (singular value decomposition) nebo K-nejbližších sousedech, které používají k nejpodobnějších expresních vzorů v porovnání se vzorky s chybějící hodnotou, a pak počítají chybějící hodnotu jako vážený průměr přes k nejbližších vzorků.