Antibiotická léčba je léčbou kauzální. Podle odborných prací je dnes bohužel iracionalita podávání ATB léčiv v rozmezí 50 až 80%, což rozvíjí rezistenci mikrobiálních kmenů. Mezníkem novodobé léčby je rok 1928 s objevem penicilinu Dr.Flemingem. Následně v roce 1935 Dr.Domagk objevil další ATB - sulfonamidy. Masivní rozvoj ATB léčby můžeme pozorovat od 50.let minulého století.

Odontogenní infekce jsou nejčastěji polymikrobiální se smíšenou aerobní a anaerobní flórou. Antibiotická léčba by se měla opírat o klinický stav a pokud možno o výsledek  mikrobiologického vyšetření.
Vzhledem k nedostupnosti bakteriologie při akutně probíhajícím onemocnění jsou empiricky první volba perorální beta-laktamová ATB :

• Peniciliny (V - Penicilin v dávce 750mg p.o á 6hod, či 500mg p.o á 4hod)
• Aminopenicilin (Amoclen 500 - 1000mg p.o á 8hod)
• Amoxicilin s kyselinou klavulanovou (Augmentin 625 - 1000mg p.o á 8hod dále možno přejít po 2 dnech u 1000mg na dávku á 12hod)
  

Při přecitlivělosti k beta-laktamovým ATB možno využít:

• Klindamycin (Dalacin C 300mg p.o á 6 až 8 hod dle závažnosti)
• Méně vhodnou volbou pro ambulantní léčbu jsou makrolidy (Rovamycine 500-1000mg p.o á 8-12hod dle závažnosti, či Roxithromycine 150mg p.o á 8-12hod)

Při neúspěchu, u těžšího průběhu, eventuálně při komplikacích volíme za hospitalizace intravenózní podání amoxicilin s kyselinou klavulanovou (Augmentin 1,2g i.v á 8hod), nebo linkosamidy (Neloren 600 -1200mg i.v á 8-12hod, či Klimicin 600mg á 6-8hod).

K aminopenicilinům, klindamycinu možno v kombinaci pro posíléní účinku přidat aminoglykosidy (Gentamicin 240mg i.v á 24hod ), či fluorované chinolony (Ciphin 250-500mg p.o á 12hod.)