E-learning 2. Analýza dat 2.2. Analýza vysokopokryvných genomických dat 2.2.1. DNA mikročipy 2.2.1.3. Typy mikročipů

Existují různé typy mikročipů, můžeme je dělit podle typu výrobní technologie, délky sond na mikročipu nebo typu organismu, pro který je mikročip navržen.

Podle délky a typu sond mohou být mikročipy děleny na cDNA mikročipy a oligonukleotidové mikročipy.

cDNA mikročipy

     U tohoto typu čipu jsou sondami 500-5000 párů bází dlouhé cDNA klony vybraného genu nebo známé sekvence. Obvykle jsou syntetizovány ještě předtím, než jsou použitím spotovacího robota imobilizovány na pevný povrch.

     Výhodou těchto dlouhých sond je, že jsou specifičtější k jednotlivým cílovým genům a v případě úspěšné hybridizace s cílovou vzorkovou DNA můžeme téměř jistě předpokládat s tímto genem shodu.

     Nicméně protože většina hybridizace na těchto čipech je závislá na délce sond, a protože přesný počet klonů v každém spotu není znám (ve srovnání s oligonukleotidovými čipy), musí být úroveň hybridizace pro každý spot porovnána s nějakou referencí (kontrolou). Tato relativní informace je mnohem robustnější než absolutní informace o intenzitě v každém spotu. To je důvod, proč cDNA mikročipové experimenty jsou prováděny obvykle ve dvoukanálové formě. Jeden kanál (např. červený) je použit pro DNA zájmu a druhý kanál (např. zelený) pro referenci (kontrolu) DNA.

Oligonukleotidové mikročipy

     Zde jsou sondy reprezentovány oligonukleotidy, velmi krátkými sekvencemi (obvykle ne více než 25 párů bází) navrženými tak, aby odpovídaly částem sekvence známého nebo předpokládaného otevřeného čtecího rámce. Jsou syntetizovány buď in situ (nejčastěji), nebo obvyklou následnou imobilizací na povrch. Nejběžnější jsou GenChip čipy (výrobce: Affymetrix Inc., GeneChip-->®), obvykle zvané Affymetrix čipy.

       Oproti dlouhým cDNA sondám mohou být kratší oligonukleotidové sondy spotovány napříč čipem ve vyšší hustotě a jsou levnější na výrobu.