E-learning 3. Software 3.1. R a Bioconductor

R je zdrojově otevřený statistický nástroj pro analýzu dat. Je volně dostupný na www.r-project.org.
Pokud si chcete R nainstalovat, postupujte podle instrukcí uvedených na webových stránkách.
Hlavní výhodou R je jeho dostupnost a skutečnost, že má otevřené zdrojové kódy (open source). To znamená, že kód všech funkcí je přístupný a každý jej může vytvářet, měnit, přizpůsobovat a publikovat bez jakýchkoliv poplatků. Tento fakt udělal z R populární a široce používaný statistický programovací nástroj na celém biostatistickém poli.

R bylo původně vyvinuto jako bezplatná varianta S-plus. Nicméně C+ nebo Perl programátoři mohou shledat jeho strukturu a speciálně nakládání s proměnnými a maticemi značně neefektivní, což se ukazuje při manipulaci s velkými maticemi. Naštěstí R umožňuje implementaci funkcí v jazycích C, Perl nebo Python, což tento nedostatek pomáhá efektivně překonat.

Jak už bylo zmíněno, R umožňuje uživatelům vytvářet vlastní skripty, které mohou být převedeny na funkce. Takovéto funkce mohou být sdíleny buďto jako textové .R soubory se skripty nebo, což je více efektivní, skrz takzvané balíčky (knihovny) .A soubory.

Pokud se chcete dozvědět více o struktuře R, odkazujeme Vás na knihu Phila Spectora: Data Manipulation with R.

Bioconductor je zdrojově otevřený a vývojově otevřený SW projekt pro analýzu a pochopení genomických dat založený na R (www.bioconductor.org).Obsahuje spoustu balíčků zaměřených na analýzu genomu.