Morfologie kořenů podstatným způsobem ovlivňuje obtížnost extrakce retinovaných i normálně prořezaných zubů. Je třeba ji před extrakcí posoudit z několika hledisek.
Délka kořenů – nejvýhodnější čas k extrakci zubu je stav, kdy je vývoj kořenů dokončen z jedné až dvou třetin. V této fázi jsou kořeny ještě tupě ukončeny a při extrakci se zřídka zalomí. Pokud je vývoj kořenů již dokončen stoupá možnost výskytu abnormalit apexů a riziko fraktury radixů. Naopak zárodky zubů, které nemají dokončen vývoj ani třetiny kořene se také obtížně extrahují, protože zárodek při pokusech o vybavení v kostní dutině rotuje.
Rozvětvenost kořenů – extrakce zubů jejichž kořeny se konicky sbíhají jsou snazší než extrakce zubů s kořeny široce rozvětvenými.
Zakřivení kořenů – zuby, které mají zakřivené, nebo dokonce hákovitě zahnuté kořeny se samozřejmě extrahují obtížněji než zuby s kořeny rovnými. Důležitou roli hraje také směr zakřivení kořenů. Mesioangulované zuby s distálně zakřivenými kořeny se extrahují snadněji než pokud jsou kořeny zahnuty mesiálně, protože směr extrakce sleduje zakřivení kořenů.
Šířka kořene v mesio - distálním směru – pokud je kořen mesiodistálně širší něž krček zubu, bude při extrakci nutné buď kořen separovat, nebo snést část přilehlé kosti.
Šířka periodontální štěrbiny – čím je periodontální štěrbina širší tím snadnější je extrakce. Většina retinovaných zubů má normálně širokou periodontální štěrbinu, ale u starších pacientů (většinou po 40. roce) může periodontální prostor postupně zanikat, což extrakci ztěžuje.