Systematická:
1) Odontogenní cysty:
a) radikulární
b) folikulární (zub obsahující)
c) folikulární (bezzubá)- primordiální, keratocysta
d) parodontální (periodontální)
e) reziduální
2) Neodontogenní cysty:
a) nazopalatinální
b) mediální patrová
c) mediální alveolární
d) mediální- dolní čelisti
e) nazoalveolární
f) globulomaxillární
Klasifikace dle WHO:
1) Vývojové
- odontogenní
- neodontogenní
2) Zánětlivé
- radikulární
- paradentální